马耳他与斯洛伐克两国外交关系建立于1968年。两国间的交往，尤其是近年来比较频繁。1996年11月2日，马耳他总理、副总理和外交部长在里斯本会见斯洛伐克领导人，就马耳他加入欧盟、两国双边关系、两国经济政治合作等共同关心的问题进行讨论协商。1998年10月9日，两国就斯洛伐克的选举、少数民族问题、与匈牙利的关系、与欧盟的关系、马耳他在布拉迪斯拉发的外事机构以及两国间的外交部长级会晤等问题进行磋商。1999年9月，斯洛伐克外交部部长访问马耳他，双方讨论了双边关系和两国加入欧盟的问题，并在避免双重征税和投资保障方面达成协议。2000年5月，在两国的环境部部长和欧盟环境部部长的非正式会议上，讨论申请加入盟国和欧洲委员会的关系、与申请国的环境相关事宜以及金融环境等问题。同月，马耳他总理和外交部长对斯洛伐克进行官方访问，就入盟进程进行磋商讨论。在双边关系问题上，两国均认为双边合作需要继续巩固和加强，而且建议两国议会间建立一个“合作小组”，就加入欧盟和双边关系等事务进行协商。两国总理还签署了打击有组织犯罪的协议。2001年5月，马耳他总统和教育部部长对斯洛伐克进行正式官方访问，两国间高层领导人又一次