1301年，阿尔帕德家族最后一个国王逝世，从此，那不勒斯安尤诺维茨家族的卡洛尔·罗伯特与捷克国王瓦茨拉夫二世围绕匈牙利的王位展开了斗争，最终，前者在教廷的支持下获胜。在这一期间，封建寡头的势力得到加强，特伦钦的马图什·恰克是最著名的代表，他拥有斯洛伐克的大部分地区，公开反对国王。直至1321年他去世后，国王的军队才攻入特伦钦城堡，占领了他曾经统治的地区。1387年，卢森堡家族的日格蒙德被加冕为匈牙利国王，他还获得罗马皇帝的称号，在其执政期间，斯洛伐克出现了比匈牙利其他地区多得多的城市。15世纪上半叶，捷克胡斯宗教革命运动的军队渗透进斯洛伐克，并在一些城市组建了驻防军，斯洛伐克人民的反抗精神和对本民族特性的认识有所增强。1444年，在瓦尔纳战役中匈牙利军队被土耳其军队打败，国王弗拉基斯拉夫二世阵亡。1458年，匈牙利议会选举马提亚·科尔温为国王，他推行了一些改革，完善了雇佣军军事战术并致力于加强国家权力。在卢多维克·亚盖隆统治匈牙利时期（1516～1526年），土耳其人深入到匈牙利内部，并于1526年在莫哈奇战役中使匈牙利军队遭遇惨败，国王卢多维克阵亡，从此，土耳其人统治了匈牙利的大部分