莫哈奇战役后，奥地利哈布斯堡王朝的菲迪南登上了匈牙利的王位。土耳其人占领了匈牙利的中心部分，由于土耳其人的势力范围只到达中斯洛伐克的南部，匈牙利的政治和文化生活重心转移到斯洛伐克，布拉迪斯拉发作为匈牙利的首都长达250多年，匈牙利议会、中央机构设立在这里，哈布斯堡王朝的匈牙利国王在此举行加冕仪式。特尔纳瓦成为埃斯泰尔戈姆大主教的府邸所在地。1683年，在维也纳战役中土耳其军队被联盟军打败，土耳其在中欧地区的统治开始走向灭亡。这一时期，在斯洛伐克掀起了宗教改革运动的浪潮，它来自德国。16世纪，斯洛伐克的绝大部分居民成为新教徒，原则上，斯洛伐克族人接受了路德派宗教改革（用古捷克语做礼拜仪式），匈牙利族人则接受了卡尔文派宗教改革。哈布斯堡王朝依然是虔诚的天主教徒，因而他们竭力推行“重新天主教化”（即回归天主教信仰），耶稣会是这一行动的主要支持者。1635年，耶稣会在特尔纳瓦创办了大学，1657年又在科希策开设了大学。1610年新教独立后，在普雷肖夫、巴尔杰尤夫、班斯卡·比斯特里察和布拉迪斯拉发出现了一些新教学校。1604～1711年，为了反对“重新天主教化”和中央集权制，匈牙利的贵族多次举行