公元1356年，奥斯曼帝国开始进军欧洲。不久之后开始攻打色雷斯。1360年，占领了阿德里安堡，并将首都从小亚细亚的布鲁萨迁移到这个城市。公元15世纪，在土耳其的进攻下，马其顿、萨罗尼加、雅典公国相继陷落。1453年，土耳其人攻下君士坦丁堡之后，几乎已经统治了整个希腊大陆。爱琴海岛屿在坚持一个多世纪之后，终于抵抗不住，归顺奥斯曼土耳其王朝。在奥斯曼土耳其帝国统治时期，希腊地区又恢复了统一局面，它作为土耳其的属地，成为帝国的一个行政省。1470年，按照土耳其的军事原则（military line），希腊被划分为6个“散贾克”（Sanjak），随着克里特等地的攻陷，又增加到11个。每个“散贾克”下面分成几个“卡扎”，相当于县。在行政管理上，基本实行了“米勒特”（millet）制度，即苏丹统治下的非穆斯林教徒，比如信奉东正教的希腊人，可以作为一个单独的民族，享有一定的自治权，但地方管理权力机构必须对中央负责。按照伊斯兰教教规，宗教与世俗事务不作区分。因此，奥斯曼帝国通常利用希腊教会来管理希腊人，东正教会由此成为奥斯曼帝国统治希腊的一个工具。苏丹任命驻君士坦丁堡的总主教（牧首）为希腊最高的宗教领