公元20世纪80年代冷战缓和与90年代初冷战终结时期，希腊和保加利亚一直保持着友好和卓有成效的关系。自1991年以来，希腊和保加利亚双边贸易往来活跃，并签订了军事合作协定，通过两国总理的一系列会谈，最终签署20年睦邻友好条约。15年内，两国已签署了十余项双边协定，如避免双重征税、关于打击非法移民和恐怖主义以及有组织犯罪的警务合作协定、军事和科技协定、科学教育和文化协定、环境保护协定等，其合作范围扩大至各个领域。在保加利亚进行经济和政治制度的转型之后，希腊一直积极支持其加入欧盟和北约，并认为这是保持该地区稳定和繁荣的有效方式。在巴尔干地区问题中，两国进行了紧密的合作。它们认为，巴尔干的问题，需要巴尔干国家和人民自己进行妥善的处理，同样，东南欧合作进程是达成地区合作的有效的途径。在黑海经济合作组织中，两国也进行了密切的合作。通过1998年启动的希腊、保加利亚和罗马尼亚三方首脑会晤机制中，加强了两国的经济关系，推动了该地区的基础设施项目、打击恐怖主义和有组织的犯罪等领域的合作，为促进巴尔干地区的安全和稳定做出了自己积极的贡献。如今，保加利亚已成为希腊的重要贸易伙伴，而且这种重要性正与日俱增。