肯尼亚矿藏主要有纯碱、盐、萤石、石灰石、重晶石、金、银、铜、铝、锌、铌和钍等。近年来，肯尼亚西部和东部地区探明有大型金矿、煤矿、稀土和钬矿等资源。2012年，英国图洛公司（Tullow Oil）在西北部图尔卡纳郡的洛基查盆地发现石油资源，初步探明石油储量为6亿桶；东北部的曼德拉盆地也发现了石油，初步探明石油储量为2亿桶；英国燃气公司在拉穆海上区块同时发现石油和天然气资源。目前肯尼亚境内46个石油区块已有41个签署了勘探协议，22家跨国能源企业正在进行大规模陆地和海上石油勘探活动。肯尼亚森林面积为8.7万平方公里，占国土面积的15%，林木储量为9.5亿吨。肯尼亚地热、太阳能、风能等清洁能源储量丰富，大裂谷地带蕴藏的地热资源可发电7000～10000兆瓦。肯奥卡瑞地热发电站是非洲最大地热电站，完工后发电能力可达430兆瓦；拟建的图尔卡纳湖风电场是非洲最大风电场，设计发电能力300兆瓦。肯尼亚常被认为是矿藏不多的国家，实际上至今已发现100多种矿产，包括不少稀有矿物。自20世纪70年代以来的四大矿产为纯碱、萤石、盐和石灰石。纯碱或天然碱为肯尼亚最重要的矿产，主要从大裂谷南部的马加迪湖中提取。