肯尼亚有不少河流，但大的和较大的河流屈指可数。这些河流按其源头和流向可分为三类：一类是源头在裂谷以东的流向并注入印度洋（有些河流在中途消失了）；另一类源头在裂谷以西的流向并注入维多利亚湖；还有一类源头在裂谷以内的流向并注入谷内湖泊。不少河流是季节性河，雨季有水，旱季干枯。较大的常年河流有两条，即塔纳河和加拉纳河。塔纳河发源于肯尼亚中部高地（阿伯达雷山脉东麓），全长708公里，下游300多公里可通航；流经中部省、东方省、东北省和滨海省，于基皮尼注入印度洋。塔纳河源自肯尼亚山的冰川融雪和高地雨水，沿河有灌溉和发电工程，具有很大的开发潜力。上游有锡卡河等支流。加拉纳河发源于阿伯达雷山脉东麓，上游叫阿蒂河，下游也称萨巴基河，全长约547公里，向东流经中部省、东方省和滨海省，部分地段可行木船，在曼布鲁伊以南入海。此外，注入印度洋的还有几条小河，如沃伊河、拉姆西河、拉雷河等。另有一些发源于东部高原的河流，其中有些到达印度洋前便消失在流经的“荒原”中。其中较重要的是肯尼亚山以北的瓦索恩尼罗河，它在流到梅尔蒂台地后便成涓涓细流。发源于裂谷以西高山悬崖的较大河流有恩佐亚河（258公里）、尼杨