吴怀祺先生的史学研究之路，是从最初的郑樵史学研究，到宋代史学思想史的梳理，再到贯通中国史学思想史的研究，最终完成了中国史学思想的会通撰述。郑樵研究于20世纪90年代先后出版《郑樵评传》、《郑樵文集》和《郑樵年谱》三书，最终于2010年以《郑樵研究》书名出版，郑樵的史学会通思想对先生一生治史产生了重要影响；由郑樵史学而进入宋代史学思想史研究，1992年出版的《宋代史学思想史》是学界关于中国史学思想史研究在断代上取得的首次大突破；由断而通，1996年出版的《中国史学思想史》则是学界第一部作为史学史分支学科史学思想史的贯通研究成果，它的问世对于中国史学思想史的研究和史学史学科的发展无疑都有重要影响；2002年至2005年先后出版的10卷本《中国史学思想通史》，是迄今为止学界第一部系统反映中国史学思想从远古传说时代到1949年以前整个发展过程的大型学术著作，展现了一种学术会通的精神；2011年出版的6卷本《中国史学思想通论》，则是从横向来专论中国史学思想的相关问题，由此构成对中国史学思想的多维研究。2017年，这两部大型学术著作又以《中国史学思想会通》为总书名出版，几十年的辛勤耕耘，终于完成了