19世纪50年代以来，犹太人与日本交往不断加强。尽管日本曾出现反犹主义思想，但影响甚微，基本奉行现实且温和的对犹政策，双方历史关系较好。第二次世界大战以后，“不介入”外交原则与能源因素促使日本疏远甚至反对以色列，两国关系长期冷淡。冷战以后，日本在美国的压力下，利用阿以关系缓和的有利形势，积极改善与以色列的关系，双方关系迅速升温。目前，两国高层互访频繁，经济贸易持续发展，科研合作稳步推行，安全合作不断加强，文化交往日益深化，实现了互惠互利并增强了未来合作的信心。然而，以日关系也面临难以克服的障碍，特别是日本积极的中东政策与以色列强烈的安全需求存在难以调和的冲突。