从1972年起蒙古国与日本建立外交关系，一直到1990年由于政治体系、社会结构和意识形态的差异互往虽少，但奠定了之后合作的基础。自20世纪90年代起蒙古国民主化改革和向市场经济转型以来，两国关系迅速发展。日本成为蒙古国转型期的最大支持与援助国，且两国高层频繁互访，签订各种经贸合作协议。蒙日双方签订《战略伙伴关系中长期行动计划2017～2020年》，此计划主要针对蒙古国经济发展，成为两国关系的行动指南。