20世纪60年代中期以后，研究者不再以西欧合理主义、自由主义思想批判天皇制国家意识形态，出现了从民众思想、“民众宗教”中重新认识日本近代化的动向。例如，安丸良夫认为在包含武士阶级儒家道德的民众通俗道德中，虽然没有变革社会、创造新社会的思想，但可以看到农民、商人自发磨炼自我的契机；高木宏夫将新兴宗教运动置于日本近代的大众思想运动中，认为明治政府开展的天皇制绝对主义教化运动以及自由民权运动、左翼运动、战后革新阵营的工人运动等是自上而下的大众教化、动员，与其相反，新兴宗教是下层民众自行开展思想运动并获得成功的事例。新宗教研究者来自宗教学、社会学、文化人类学、心理学、历史学、民俗学、文学等领域，从各个方面展开研究，提高了新兴宗教的研究水平。