马达加斯加岛上的河流大多是发源于中部高原地区，部分发源于各大湖泊，向四方奔流，注入印度洋和莫桑比克海峡。东部河流一般较短，流入印度洋，受地势影响落差大，水流湍急，水力资源丰富，主要有马纳纳拉河、曼古鲁河。西部地区的河流相对较长且平缓，便于航运，流入莫桑比克海峡，主要有贝齐布卡河、曼戈基河、马尼亚河和马哈瓦维河等。马达加斯加岛上湖泊众多，阿劳特拉湖是最大湖泊，位于中部高原北部的图阿马西纳省，面积900平方公里。阿劳特拉湖及其周边的湿地面积共有7225平方公里，是野生动物的重要栖息地。阿劳特拉湖流域是马达加斯加重要的水稻种植区。