拉美主教理事会由下属主教会议的主席及一名代表、理事会主席团成员和下设各部门的负责人组成。每两年召开一次理事会例会。主席团由主席、第一副主席、第二副主席、经济委员会主席、秘书长组成，任期4年。拉美主教理事会下设经济委员会和秘书处。经济委员会负责管理理事会的财产和资金。秘书处是拉美主教理事会的常设执行机构，其职能包括4个方面：一是维护和宣传天主教信仰，包括捍卫教会信仰、传教、出版刊物、进行广播影视宣传等；二是开办教会学院，培养教士；三是教化青年；四是在非教徒中传教。此外，秘书处还负责与美国、加拿大、西班牙、葡萄牙的天主教机构进行联络。秘书处下设教会团体与对话、传教与圣灵论、使命与职能、家庭与生活、文化与教育、公正与团结、交流7个部门。每个部门又设有若干个分管不同事务的处。拉美主教理事会开办了拉丁美洲神学院，负责培养神职人员。该学院于1974年在哥伦比亚的麦德林成立，后迁往波哥大。目前学院设立了一个博士学位和若干个学士学位，并定期开设各种专业培训课程。近年来，拉美主教理事会为了加强对拉美现实问题的研究，以便更好地开展传教活动，创办了“牧灵观测站”（Observatorio Pastoral）