第1届拉丁美洲主教会议（以下简称“拉美主教会议”）后，拉美主教理事会正式成立。此后，它负责筹备并组织了4届拉美主教会议。它自身的发展阶段也是按这4届主教会议划分的。第2届拉美主教会议于1968年8月26日至9月7日在哥伦比亚的麦德林召开，与会者有来自拉美各国和罗马教廷的249名代表。罗马教皇保罗六世主持开幕式，并发表讲话。这是两千年来第一位教皇出访拉美。这次会议是拉美的教会革新派与保守派的一次正面交锋，中心议题是如何在拉美的变革中确立宗教的新地位。经过激烈的讨论，革新派最后占据了优势。会议通过了长达100多页的最后文件，其中包括“正义”、“和平”、“家庭与人口”、“教育”、“青年”、“人民教派”、“精英”、“宣讲教义”、“礼拜”、“世俗者运动”、“牧师”、“修士”、“培训”、“贫困”、“群体”和“社会交流方式”16个方面的内容。提出了“为了了解上帝，必须了解人”的主张，以及促进人和民众在正义、和平、教育和家庭中的价值、通过宣讲教义和礼拜的方式传播福音和捍卫民众的宗教信仰、通过建立适应新形势的教徒组织结构来加强教徒之间的团结三项方针，确立了“优先关注穷人”以及“避免信仰与生活相分离”的思