2015年10月和2017年12月，南京市考古研究院于大报恩寺遗址北区和南区各发现一口古井，编号为J18和J25。J18出土石、陶、瓷、铜、木等各类文物60余件，其中包括铜钱41枚，推测该井始建于北宋，明洪武年间改造，永乐时期废弃。J25出土陶、瓷、紫砂、铜等各质地文物40余件，特别是出土较多清代早中期青花瓷，推测该井建造于清代早期，延续至清代中晚期。两井的发掘，为该寺院历史研究提供了重要的实物资料。