全球治理理论的不足主要在于其对全球治理过程的理想化误读、对全球边界的过分夸大以及对治理功能的盲目自信，其将全球治理与现存的政治现实完全割裂，乐观地强调全球治理的自然形成和治理的结果必然，将其看作“无关政治的、多元主义的以及非历史性的”。在理论构建中忽略或回避了差异化的多元主体如何实现协调、无政府状态下谁来领导以及全球到底指向何种范畴等关键性问题，这样的理论必然是理想化的、虚浮的甚至是空洞的。只有真正探明全球治理的运作方式、“全球”所指向的范围边界以及治理的根本内涵，才能够确保全球治理理论体系的独立性、完备性以及独特性，使其不再作为一个简单的描述工具，而是作为一种理论分析工具，更好地助力和发挥全球治理理论的引领与指导效能。