海洋生态环境治理在新时代生态文明建设中扮演着重要角色，并且在理念、逻辑、制度上发生了重大变化。新时代海洋生态环境治理秉持从陆海分治到蓝色国土、从职能为辅到职能为体以及从“监”“管”一体到“监”“管”分离的理念更新，践行“海洋综合”走向“生态综合”、“部门政府”走向“整体政府”以及“内在平衡”走向“外在均衡”的逻辑嬗变，构建海陆环境一体的生态环境保护制度体系、海陆资源集中的自然资源管理制度体系，最终塑造海洋资源管理与海洋环境保护相制衡的制度体系。理念、逻辑和制度三位一体，塑造了新时代海洋生态环境治理的新格局，助力海洋生态环境治理体系与治理能力的全面提升。