黑龙江省社会科学院东北亚研究所研究方向为区域合作理论与实务，在注重应用研究的同时，也侧重基础研究。主要研究东北亚区域合作新态势、黑龙江省与俄罗斯东部地区、日本、韩国、朝鲜和蒙古等双边及多边经济、政治、文化等方面的关系。该所在多年潜心研究的基础上，在黑龙江省与东北亚各国经贸合作综合研究及提供相应合作建议等方面已逐步形成自己的研究特色，奠定了较深的学术基础，形成了应用研究优势，对外影响日益广泛。2002年该所的东北亚区域经济专业被评为省级重点学科，2004年被授予东北亚区域经济研究基地。自成立以来， 该所在研究中充分利用俄、日、朝、英的语言优势，结合现代研究和信息手段，取得了较为丰硕的成果。截至2006年底，全所单独或联合承担国家社科基金课题、国家软科学课题、中国社科院课题、日本国际交流基金、省软科学课题等国内外各级课题40余项，完成专著10余部，编著2部，参编80余部，发表论文、研究报告、建议等近千篇。该所还多次与俄、日、韩、美、英、加等国际学者及相邻省份同类研究机构进行各种学术交流和共同研究。近年，该所一些学者还到日、韩、俄等国进修、访学，搭建了良好的国际学术网络。