吉林大学日本研究所是吉林大学直属的重点研究日本问题及中日关系的综合性学术研究机构。1964年经国务院批准，吉林大学成立日本研究室，1979年经教育部批准，更名为吉林大学日本研究所。1987年被教育部批准为教育部直属高校文科重点研究所。1994年，伴随着吉林大学国际问题综合研究需要，日本研究所与吉林大学校内其他国别研究所合并共同组建东北亚研究院，作为其中的核心部分日本研究所继续开展日本问题的教学与研究工作。2001年根据需要将吉林大日本研究所调整为吉林大学日本研究中心，2011年11月应国务院和教育部进一步加强国别问题研究的工作要求，重新组建吉林大学日本研究所。2017年7月，日本研究所被教育部批准为国别与区域研究备案中心。目前，中心已形成了一支知识结构、年龄结构和专业结构较为合理的研究团队，共有26名专职研究人员，其中包括中华日本学会副会长一人，副秘书长一人；全国日本经济学会副会长一人，副秘书长一人。 本中心依托东北亚研究院理论经济学（世界经济专业）、政治学（国际政治专业）和世界历史（世界历史专业）三个优势学科以及外国语学院、公共外语教育学院的日本语言文学专业，充分发挥吉林大学在日本问题研究方面的学科和地缘优势，继续凝练研究方向，深入研究日本及其与之相关的重大理论问题和现实问题，拓展对日本经济、政治、历史、文化、社会等领域的跨学科交叉研究，服务国家外交战略、服务国家经济发展和对外开放事业。 本中心定位是依据吉林大学五个国别研究所的建设定位确定，即是为了贯彻落实全国高等学校哲学社会科学工作会议的精神和国家领导人对吉林大学的指示精神与殷切希望，进一步提升吉林大学服务国家战略和地方社会经济发展的能力。吉林大学将充分发挥自身的学科和地缘的优势加强国际问题的研究，扎实推进各研究所的工作，深入开展研究，服务国家外交战略、服务东北地区经济发展和对外开放、服务吉林老工业基地的建设，为我国对外开放事业作出新的贡献。 中心的总体建设目标：按照教育部对国别与区域备案中心总体发展规划要求、《吉林大学中长期改革与发展规划纲要（2011-2020年）》以及本中心定位，将中心建设成为国内一流、国际知名的高水平日本问题研究机构，为国家制定有关战略与政策以及开展国际合作提供科学依据。 根据总目标，确定如下分目标： 1.围绕日本经济、政治和历史，开展创新性的理论研究，产生一批高水平、在国内外有一定影响的理论研究成果。 2.以国家发展战略和重大需求为导向，密切关注日本政治经济和社会发展的最新动态，为党和国家对日交流提供理论依据和可行方案。 3.以学科建设为依托，加强日本研究的队伍建设，不断提高研究人员的层次、改善队伍结构，建设一支结构合理、有创新的研究团体。 4.积极开展学术交流，重点扩大对日高层次的学术交流，把日本研究所建设成为具有国内外影响的日本研究的重要基地。 5.以学科建设和科学研究为依托，积极培养日本研究的专门人才，使日本研究所成为国内日本经济、政治和历史文化人才的重要培养基地。