中国社会科学院日本研究所经国务院批准于1981年5月成立，是中国社科院下属的专门从事当代日本问题研究的学术机构和智库单位。 日本研究所坚持正确的政治方向和学术导向，以“学术殿堂”、“思想库·智囊团”为发展目标，以涉日重大理论与现实问题为研究方向。经过40年的发展，研究所的研究已全面涵盖当代日本的政治、经济、外交、战略、社会、文化等领域，夯实了日本研究学科发展和应用研究的基础，推出了众多高水平科研成果，奠定了在国内外当代日本综合研究中的引领地位。根据国家发展与安全、哲学社会科学学科建设以及国家相关政策制定的需要，研究所除从事有关日本的学术性、基础性研究外，还承担着中央有关部门及社科院交办的委托研究课题以及各类横向合作项目，服务于党和政府决策。 日本研究所设有所、室（处、部）两级管理架构，内设机构由日本政治、日本经济、日本外交、日本社会、日本文化、综合战略六个研究室和《日本学刊》编辑部、网络资料室、科研处、办公室构成。全所人员编制为58人，其中研究岗位42人，科研辅助岗位9人，行政管理岗位7人。 研究所管理一个院级非实体研究中心即东海问题研究中心，四个所级非实体研究中心即日本政治研究中心、中日关系研究中心、中日经济研究中心、中日社会文化研究中心，代管两个全国性日本研究学术社团即中华日本学会、全国日本经济学会。 日本研究所的主要科研成果形式是学术专著、论文、政策研究报告、教材和翻译作品等。建所40年来，据不完全统计，共出版学术著作和工具书360余部，译著100余部，学术论文1800余篇以及大量政策研究报告。其中，众多科研成果获得国家级、省部级优秀成果奖。 研究所编辑出版《日本学刊》、《日本文论》两部学术期刊，建有多元多种网络信息平台，编撰《日本蓝皮书》、《日本经济蓝皮书》等年度皮书。这些载体均已成为国内外了解中国当代日本研究学术前沿及最新研究成果的重要窗口。 日本研究所与日本等诸多国家的学术研究机构、基金会（财团）、政府部门、新闻媒体等保持广泛频密的交流关系，在联合研究、信息共享、举办会议等方面进行了大量富有成效的合作。研究所每年利用各种形式派出多批次团组出国调研、访学或参会，定期或不定期举办国际学术研讨会，邀请众多日本及国际知名政要、专家学者出席。 研究所承担中国社会科学院研究生院日本研究系职责，招收培养当代日本研究的硕士生和博士生，具有国际关系、国际政治、世界经济专业的硕博学位授予权；设有博士后流动站，为中国的当代日本研究领域培养和输送后备人才。