云南大学于1998年在整合原有的西南边疆少数民族经济文化研究心、国际关系研究中心、软科学与系统工程中心、高技术产业研究中心等校内研究机构的基础上成立了云南大学发展研究院，由原校党委书记任第一任院长。经过几次机构调整和人员调动，形成了人口与社会发展研究所、理论经济研究所、应用经济研究所、系统工程中心、院办公室的组织架构。现任院党委书记为吕昭河教授，院长为杨先明教授。 人口与社会发展研究所由原联合国人口基金会资助的人口研究所和西南边疆少数民族经济文化研究中心整合成立的研究生培养和科研机构，拥有人口学和社会学硕士学位授权点。制度人口理论、人口理论、老龄化问题、宗教社会学、人口社会学为其研究特点。长期以来，该所研究人员对少数民族人口发展、地区人口比较和贝叶经文化与南传佛教进行深入研究，研究成果获得国内外学术界的高度评价。 系统工程中心是云南省较早进行管理科学与工程专业研究生培养单位。目前承担四个硕士专业研究生的教学与培养，即管理科学与工程、技术经济与管理、项目管理、工程管理专业。系统工程中心长期以来研究主要特点集中在复杂性理论在管理科学中的应用，同时利用系统理论展开对区域环境、产业问题的研究。 理论经济研究所目前承担政治经济学、人口资源与环境经济学、世界经济硕士专业研究生的教学与培养，承担云南大学理论经济学一级学科博士点的学科建设组织和博士研究生教学与培养的组织任务。国际直接投资与经济发展、人口经济与资源环境系统协调、空间经济学与次区域发展、企业制度与企业成长、能源经济问题等为该所的研究重点。 应用经济学研究所的学科支撑点为产业经济学、国民经济学、金融学、劳动经济学，应用经济研究所集中了一批中青年学术骨干，不仅负责硕士生的教学与培养，而且承担并完成了大量的科学研究的课题。当前研究的重点为中国比较优势动态化问题、区域产业发展问题、西部资本市场发展和劳动力市场分割问题研究，并承担了亚洲开发银行等国际机构的资助研究项目。 科学研究与研究生培养结合，理论研究与决策咨询研究结合，经济学、社会学与管理学的三学科交叉融合、相互支撑、协同创新，构成云南大学发展研究院15年发展轨迹的基本特点。这一模式不仅有力推动了学科建设，而且大大提升院的科研能力和水平，至2013年，发展研究院人均国家级课题达到1.1项。在智库建设方面，发展研究院长期坚持为地方和社会经济管理部门提供决策咨询研究，到目前为止共出版研究报告88期，一些调研成果受到党委和政府部门高度重视。建成一个学生向往的研究生培养单位、为学术界认同的有特色的研究机构、党和政府可信赖的决策咨询部门，是发展研究院继续努力的目标。